Das Friedrich-Loeffler-Institut (FLI) wurde 1910 von Friedrich Loeffler auf der Insel Riems gegründet, um die Maul- und Klauenseuche (MKS) zu erforschen. Es war das erste Institut, das explizit zur Forschung an einer virusbedingten Krankheit bei Tieren eingerichtet wurde und gehört somit weltweit zu den ältesten Virusforschungsinstituten. Nach ihrer Gründung übernahm 1951 die „Deutsche Akademie der Landwirtschaftswissenschaften“ die Verantwortung für das Institut. Anlässlich des 100. Geburtstags von Friedrich Loeffler am 24. Juni 1952 erhielt das Institut den Namen „Friedrich-Loeffler-Institut“.
Das Institut für Tierernährung wurde 1948 in Braunschweig-Völkenrode als Teil der Forschungsanstalt für Landwirtschaft gegründet und widmete sich anfangs der effektiven Futtermittelnutzung zur Sicherung der Nahrungsmittelversorgung. Mit Fütterungsversuchen und innovativen Stoffwechselmessungen, vor allem bei Milchkühen, untersuchte es Ernährungsprozesse und physiologische Zusammenhänge wie Gravidität und Laktation. Ab den 1960er Jahren richtete sich der Fokus stärker auf industrielle Mischfutter, wachstumsfördernde Substanzen und die Wettbewerbsfähigkeit der Landwirtschaft, wobei auch Zusatz- und Schadstoffe untersucht wurden. Heute erforscht das Institut die effektive Nutzung von Futtermitteln unter Berücksichtigung von ökonomischen, ökologischen und ethischen Aspekten sowie der Tiergesundheit. Seit der Neuordnung der Ressortforschung im Jahr 2008 gehört das Braunschweiger Institut für Tierernährung zum Friedrich-Loeffler-Institut.